菠萝与芒果、香焦一样，对低温较敏感，但不同的是菠萝属无呼吸高峰型果品，没有明显的成熟变化。菠萝果实的贮藏性与采收成熟度关系很大，成熟度愈高，菠萝的耐贮性越差。但未成熟的果买肉质坚硬而脆，缺乏果实固有的风味。一般八成熟左右的菠萝最适于贮藏和远运。菠萝果实的耐藏性与贮藏条件关系也甚为密切。菠萝易受冷害，在7℃以下即有冷害的危险，果实遭受冷害后的症状是：果色变暗，果肉呈水渍状，果心变黑，当果实从贮藏库中移出时特别易受病菌侵染而腐烂。若在常温下用普通棚车装载的可作4～5天短途运输，若需远运，则需进行化学药剂杀菌处理，或采用冷藏车进行控温贮运。
运适宜条件为：温度10℃左右，相对湿度85％～95％，在此条件下，因品种不同贮藏期可达2～4周。若在7℃，含氧量2％的气调条件下贮藏，可抑制霉菌，改善果实外观，达到较好的保鲜效果。