晚疫病：全生育期及叶、茎、果均可受害，以叶片和青果受害严重。幼苗发病一般先从叶片出现暗绿色水渍状病斑，而后向茎扩展，近叶柄处呈黑褐色腐烂，随病情发展，幼茎基部水渍状缢缩，植株萎蔫折倒。成株期发病从下部叶片开始向上发展，由叶尖、叶缘开始产生暗绿色水渍状病斑，逐渐变为褐色，病重时全株叶片干枯；茎上病斑为褐色或黑褐色水渍状，稍凹陷；果实病斑最初油渍状暗绿色，渐变为暗褐至棕褐色，病斑云纹状，粗糙硬化。潮湿时各发病部位均可产生白色霉层。
注意事项：1、有时叶片病斑从叶尖呈V字型，或条件不适宜时病部干枯，见不到霉层，在单纯叶片发病时易与灰霉病混淆。2、环境条件特别适宜时发病迅速，叶片无明显病斑，但出现明显白霉。3、单纯叶片发病时易与冻害混淆，但冻害是由上部叶片发生。4、施肥不当也会导致与晚疫病相似的叶片干枯，也是由下部叶开始发生，但全田分布均匀。
灰霉病：叶、茎、花、果实均可染病，以果实尤其是青果发病较重。果实发病多先从青果上残留的花瓣、花托和柱头侵染，后向果实和果柄蔓延，果皮灰白色水浸状软腐，病果一般僵化，不脱落；叶片染病多从叶尖或边缘开始呈“V”字形向内扩展，病斑黄褐色，有深浅相间的轮纹或无轮纹；茎染病初为水浸状小斑，后发展成长椭圆形或不规则形。潮湿时各发病部位表面均产生灰褐色霉层。
注意事项：1、近几年常可见一种称为鬼脸斑的不典型症状，果实出现外缘白色，中间绿色，直径3～10毫米圆形斑，以国外硬皮番茄发生较多，易与溃疡病、疮痂病病果混淆。2、叶片病斑各异，有V字形、近圆形、不规则形等，有或无轮纹。3、一般发病后很容易产生霉层，但有时却见不到霉层。
根据田间症状、分布，结合气象及水肥管理等因素先做出初步诊断有助于应急控制，但因症状表现的多样性、复杂性，必要时应请专业人员进行室内镜检以确诊，再对防控措施予以修正。