1.整地作业：
整地应力求平整，这有利于灌排水处理，并可利用淹水防治杂草发生。整地平整亦可确保秧苗成活率，避免造成补植时的成本浪费。
2.有机质肥料施用技术：
有机质肥料如果能够自行制造，是最符合经济成本，然而实际执行却不太容易。对比市场销售的有机质肥料，以菜籽粕、花生粕等高含氮量的植物性有机质肥料成本更低廉。菜籽粕是中部地区水稻有机栽培使用的主要有机质肥料，其氮、磷酐、氯化钾的比率为5.3∶2.3∶1.3。菜籽粕是未经腐熟的有机质肥料，因此其施用量及施用适期应特别注意。菜籽粕应用在水稻栽培，其推荐量每公顷为4000公斤，1/2当基肥使用，约于整地前10天施用，不但可以避免插秧后因菜籽粕发酵产生的高温对水稻生长产生危害，并可适时及适量提供水稻生长所需的营养元素；1/4作为追肥，适时适量补充水稻营养生长期间所需的肥分，此时水稻的根系及地上部已经生长旺盛，不惧菜籽粕发酵产生的高温危害；1/4作为穗肥使用，一般的水稻栽培，穗肥在幼穗形成约0.2公分时施用最为适当，但施用有机质肥料因需要时间进行矿化作用，之后才能释放出营养成分，因此建议一期作约在幼穗形成前约8~10天，二期作约在幼穗形成前约6~8天施用。有机质肥料应避免在幼穗形成期后再施用，以免在因谷粒充实期间有过量的氮素供应，这样不仅使稻株容易倒伏，亦会提高谷粒中的粗蛋白质含量，不利于稻米品质的提升。
3.福寿螺防除技术：
福寿螺又名金宝螺，是目前水稻生育初期的主要害虫，遍布于任何有水的地方，繁殖力非常旺盛，其危害特征是将刚插秧后的水稻嫩株从茎杆基部剪断。如果水稻生育初期不加以防治，危害将严重至必须进行补植，造成生产成本浪费。目前防治的方法是使用毒性相当强的化学合成农药进行防除，虽然其效果非常好，但是因其具有高毒性，因此建议尽量避免使用。苦茶粕是使用于水稻有机栽培，防除福寿螺效果非常好的植物性废弃物，因其防治福寿螺时，同样土壤中的其它生物如水蛭、蚯蚓等亦会致死，因此施用时不宜过量，每公顷以50~100公斤为原则，水稻插秧后在田埂四周均匀撒布，即可达到防除效果。因苦茶粕防除福寿螺的效果与化学合成农药的防除效果相同，但其对人体不会构成危害，因此建议水稻栽培农户用苦茶粕来防除福寿螺，尽量避免使用高毒性的化学合成药剂。
4.杂草防除技术：
水稻有机栽培技术严禁使用化学合成杀草剂。目前应用在水稻有机栽培的杂草防除技术有三种。1.重复整地法：于插秧前12~15天进行第一次整地，粗耕、细耕及把平同时完成，随即给予深水（5~10公分）灌溉，持续至插秧前三天，再进行第二次整地，即可完全防除杂草。2.稻壳覆盖淹水法：于插秧前力求整地平整，插秧后秧苗挺直时，每公顷覆盖约4吨稻壳，并进行淹水处理，可防除大部分的杂草，再配合人工除草，即可有效防除杂草。3.高温防除法：此法是利用未经腐熟的植物性有机质肥料施用到地面，应用土壤中微生物分解有机质，在湛水情况下土壤中残存氧气，使杂草种子无法获得足够能量发芽的原理，以抑制杂草的发生，但是本项防除法，必须配合高温（例如二期作初期）才有防治效果，一期作仅能达到初期抑制，长期则无防治效果。
5.病虫害防除技术：
水稻以纯有机栽培，一定会发生病虫害。有效降低病虫害发生，有赖于精湛的栽培管理技术。水稻最常发生的病虫害有稻纵卷叶虫、二化螟虫、稻热病、胡麻叶枯病、白叶枯病、纹枯病等。苏力菌对未进入叶鞘或茎内的二化螟虫和稻纵卷叶虫具有良好的防治效果。但是如果二化螟虫已进入叶鞘或茎内，则无防治效果，所以应在二化螟虫发生时期，进行连续性防治。稻热病是在水稻肥份吸收过量及土壤中硅（SiO2）含量太低的情况下发生，一般土壤中硅含量，应维持在15毫克/每1000克土以上，因此如果能够控制有机质肥料施用适中及补充土壤中充足的硅含量，可有效预防稻热病。胡麻叶枯病是在稻株缺肥及土壤中硅含量太低的情况下较容易发生，因此在水稻生长过程中，应避免水稻过度缺肥，土壤中亦应适量补充硅，可有效预防胡麻叶枯病。白叶枯病常发生在大风过后，因水稻叶磨擦造成伤口，病原菌感染伤口所致。土壤中有充足的硅含量及避免施用过量的氮素，均可有效降低白叶枯病的发生，当白叶枯病发生时，切记避免在清晨露水未干前进入稻田中，以减少人为传染病菌。纹枯病是在高温多湿的情况下较容易发生，纹枯病发生时应避免田间积水造成纹枯病发生的适宜条件，水稻亦应尽量宽行栽植，加强通风，长期施用有效微生物在土壤中，这样做可以产生拮抗作用，排除土壤中有害菌，亦可有效降低纹枯病的发生。综上了解利用优良的田间栽培管理技术，可以有效控制病虫害严重发生。