苹果腐烂病的发病原因主要有：一是树体负载量过多，引起树体营养积累减少，病菌侵染后，由于树体抵抗力减弱，很容易发病；二是施肥上经常以尿素类氮肥为主，很少使用农家肥、复混肥等，造成营养元素失衡，特别是微量元素缺乏，造成树体免疫力下降，病害频发，未老先衰；三是在老果园改造过程中，由于原有果园病原菌过多，新植时又没有进行很好的消毒，栽植后病菌传染复发，导致病害大发生，严重的造成烂根死苗。
针对以上情况，苹果腐烂病的防治，从建园到成龄果园管理上要以综合防治为主。具体措施如下：
建园初期如果是老果园更新地块，对新植的苹果树地下进行改土和消毒。秋季可采用“恶霉灵”灌施土壤消毒，来年早春定植时在定制坑内施入活性生物菌肥（如沣润源有机肥、丰民同有机肥）1~2公斤，定植后用植物强壮剂“碧护”15000倍液灌施，减少病菌传染和发病。地上防治抓住春季病菌侵染、晚秋病菌扩散，冬季到早春发病高发期进行全园杀菌消毒，消灭病原菌，减少腐烂病发病几率。
进入结果期以后，根据树体长势确定树体合理负载量，防止超量过载。肥料的使用上采用有机、无机复混肥为主，大量元素与微量元素相结合。注意全年检查果树树体是否有病菌侵染和发病斑。一旦发现病斑，轻者可采用病斑划痕后涂抹杀菌剂（苯咪甲环唑、果康宝等）加“碧护”500倍液，“碧护”可抑制病菌孢子萌发，促进受损细胞修复；重的可采取刮除病斑，同时在病部及四周涂“碧护”500倍液，促进伤口愈合。病斑过大时，要采用桥接等方法恢复树势。
腐烂病发病更多的是与苹果树体内的钙与硅不足有关，在施肥和叶面喷施时要注意及时补充。钙在偏碱土壤中利于吸收，又因其移动性差，所以很容易造成树体缺钙。钙是树体内细胞壁和胞间隙果胶酸钙主要组成部分，缺少钙的果树细胞壁和胞间隙韧性降低，细胞容易被病菌侵染，容易感病和发病。土壤缺钙时以流体钙补充，叶面喷施时加入安融乐助剂促进钙的移动和吸收。硅酸在植物的细胞中沉积在细胞膜的里侧形成了硅酸膜，具有强化细胞的作用，可防止从外部来的病菌的侵染和繁殖。硅是植物必需的营养元素，植物所吸收的硅酸必须是溶解于水的水溶性硅酸溶液，但在土壤中可被植物吸收利用的硅很少。由美国科学家研制经12年推广应用的单硅酸“融地美”可以被植物充分吸收利用。同时它还有降解和固定土壤中重金属、防止重金属被作物吸收的作用。
腐烂病属弱真菌，一年中以春季侵染，夏季潜伏，深秋到早春发病较重。所以在苹果生产上，早春在刮治腐烂病斑的同时，在萌芽前进行全园杀菌消毒，以减少病孢子的侵染；在苹果树的生长季，选择渗透力强的杀菌剂进行全园涂主干，晚秋落叶后对腐烂病重的果园再进行一次全园叶喷，可采用机油石硫合剂300~500倍叶面喷施进行全树消毒，对冬季的低温冻害也有一定预防作用。
苹果腐烂病预防和防治是一个全年的过程，同时与栽培管理和肥料使用有着密切关系，是一个综合技术的体现，缺少任何一个环节都有可能造成腐烂病的发生，关键是在苹果生产中一定要注意肥料、管理和防治的一体化。