防大风暴雨危害苗床地势要较高、四周有排水沟，遇暴雨能及时排出渍水。最好采用“一网一膜”覆盖法，即在塑料薄膜上再覆盖遮阳网，其遮阳降温、防暴雨的性能比单一遮阳网覆盖的效果要好。在暴雨来临前，将塑料薄膜拉下，放风口合严，四周用土埋严，防雨水流入苗床，压膜线固定好，防止被大风吹开。若苗床进水，使土壤板结，不利种子发芽出土，易造成大量死苗。
防干旱危害播种前，要测试种子发芽率，根据测试结果确定播种量，在苗床中浇足底水后播种或充分灌水。播种用水不能用污水、脏水，最好用地下水。播种前，苗床要遮阳保湿，根据天气情况，可在早晨或傍晚用喷壶向苗床喷少量水，防止苗床干旱。
防秧苗徒长秧苗徒长主要是因光照不足。光合作用弱，制造的养料少，温度高，特别是夜温高，呼吸作用强，消耗养料多，使体内干物质含量减少，加之氮肥和水分充足，造成了徒长。另外，秧苗密度过大，互相遮挡，光照不足，苗床内不通风，秧苗周围受光少，只有顶部受光多，促使幼茎迅速伸长，也会引起徒长。因此，苗床切忌大水漫灌，只能用喷壶喷洒水，浇水量不可过大，保持苗床见干见湿，并及时间苗和分苗。只要不下雨，棚膜要敞开，便于通风透光排湿，阴雨天，揭除遮阳网，只留塑料薄膜防雨，争取较多散射光照。
防病虫危害夏秋季育苗时，病毒病、蚜虫、菜青虫等病虫极易产生危害。因此育苗时要注意防病虫危害。一是施肥要施充分腐熟的有机肥，苗床用多菌灵或甲醛等药剂处理消毒，种子需要用温水浸泡或用药剂处理，避免土传病害发生。二是播种后，立即在苗床内和四周撒毒饵，毒杀蝼蛄等地下害虫。三是降低苗床温度，以利于预防病毒病的发生。四是选择抗病品种。五是用防虫网育苗，苗床内设立黄色和橙色的诱蚜板，诱杀蚜虫。六是及时打药，常用药剂有75%百菌清、50%多菌灵、70%代森锰锌、20%病毒A、1.5%植病灵乳油、50%福美双、50%抗蚜威、50%辛硫磷乳剂、80%敌百虫等。
防高温危害苗床应通风良好，搭建遮阳棚，用遮阳网或无纺布覆盖遮阳，也可用树枝遮阳，还可在塑料薄膜上喷洒泥浆水遮阳。播种后，用稻草覆盖苗床，待有60%-70%幼苗出土时去除苗床覆盖物。通过遮阳，使温度下降，透光率降低，以利于幼苗生长。