菇棚杀菌处理的第一个环节，就是对棚外环境的清理和杀菌，包括棚外杂草、垃圾等应彻底清理干净，清理卫生后，地毯式喷洒600倍多菌灵溶液。其次，揭去棚上草苫，清理并整理平棚内地面，使用赛百09或百病傻对墙体、地面、立柱、通风孔等进行地毯式喷洒，然后封闭菇棚，任其日晒升温，在高温作用下，药物得以充分渗透，使黏附药液的杂菌孢子及病菌蛋白凝固，失去活性，达到杀菌目的。如果老菇棚上季栽培曾发生过某些病害，则应当在用药后2～3天再重喷一次，以求彻底。
二、发菌期管理
1.尽量严格闭光。发菌期间应尽量避免光照，尤其不允许强光直射。目前不少栽培者对该项持“无所谓”的态度，是既不科学又有害的，长时间的光照刺激，可使得菌袋一旦完成发菌就会现蕾，根本无法控制出菇时间。正确的做法是自播种后即应进行避光，除进入的观察、翻袋操作外，不得有光照进入菇棚。
2.加强温度管理。菌丝生长适宜温度为25℃，如在低温季节发菌，可采用火炉升温，条件稍差时，可在棚内上方吊一层黑色塑料膜或遮阳网，天气晴好时，揭去草苫，使棚内升温，但又不形成阳光直射菌袋；有条件的可安装水温空调，一年四季均可发挥作用。
3.适当调控湿度。空气湿度对发菌的影响较大，应小心对待，如春季发菌，气候干燥，应适当给予增湿，一般可调至空气湿度70%左右，但如果初秋或夏季发菌，如天气连续长时间阴雨，空气湿度居高不下，则应采取有力的降湿措施，方可保证发菌的顺利进行，可在棚内放置生石灰，使之吸水，并趁天气晴好时及时给予通风，以降低棚内二氧化碳浓度。
4.给予合理通风。菌丝生长期间需要少量的氧气，些许通风即可满足，但应注意菇棚内外的温度交换，温差过大时，应予考虑具体的通风时间。如夏季发菌时，尽量晚间通风，低温季节则尽量安排中午时分等。
5.预防病虫危害。在整个发菌期间，每5天左右喷洒一次百病去无踪或赛百09溶液，以防止杂菌病害的发生；发现污染菌袋，随即移出菇棚进行单独处理；尤其春季，经常喷洒菊酯类药物以驱杀害虫。
6.坚持后熟培养，形成爆发式出菇（详见《爆发出菇新技术》）。