药物防治是渔业病害控制的主要措施，也是目前水产动物病害防治中最直接、最有效的方式。
准确诊断 （1）养殖背景调查。池塘面积、水深、水源、养殖的品种结构、苗种来源、规格大小、放养密度等；检测水体透明度、水温、pH值等常规水质指标；饲料种类、水源、投饵方法、投饵量等；了解发病过程、已采取的防治措施、药物使用情况等。（2）样品采样。收集濒死、症状典型的病料作诊断样本，采取冷藏方式运回实验室作进一步检测，如需进行组织病理切片等宜在现场对样品进行分解、固定。（3）必要时应进行实验室病原检测，准确诊断病情。
药物选择 （1）消毒剂。常用的主要包括生石灰、含氯消毒剂（如漂白粉、三氯异氰尿酸、二氧化氯等）、含溴消毒剂（如溴氯海因、二溴海因等）和含碘消毒剂（如聚维酮碘、双链季铵盐络合碘）等。另外，醛类消毒剂（如甲醛、戊二醛等）、酚类消毒剂也有一定的作用。（2）驱杀虫类。包括有机磷类、拟除虫菊酯类、咪唑类、重金属类以及某些氧化剂等。（3）水质（底质）改良类。主要包括一些化学物质（如沸石、过氧化钙等）以及微生态制剂，如乳酸菌、芽孢杆菌、光合细菌硝化细菌、反硝化细菌、EM菌等。（4）抗菌类。主要有天然抗生素（如土霉素、庆大霉素等）、半合成抗生素（如氨苄西林、利福平等）以及人工合成的抗菌药（如喹诺酮类、磺胺类药物等）.（5）中药类。常用的有大黄、黄柏、黄苓、黄连、板蓝根、大蒜、铁苋菜、水辣蓼、五倍子、菖蒲等，可作疾病预防用。
给药途径 （1）口服法。常用于水产动物体内病原生物的消除、感染的控制、免疫刺激、体内代谢环境改善等。施用时应考虑同池其他混养品种。（2）药浴法。药浴法有全池遍洒和浸洗法两种。遍洒法一般用于池塘水体。浸洗法用药量少，可人为控制，主要在运输苗种或苗种投放之前实施。（3）注射法。注射法用药量准确、吸收快、疗效高（药物注射）,预防（疫苗、菌苗注射）效果好等，但操作麻烦，容易损伤鱼体，药物应现配现用。（4）涂抹法。具有用药少、安全、副作用小等优点，但适应范围较小。（5）悬挂法。具有用药量少、成本低、简便和毒副作用小等优点，常用于疾病预防。为保证用药效果，用药前应停喂1-2天，促使鱼虾进入药物悬挂区去摄食。
给药剂量 （1）外用给药量的确定。根据水产动物对某种药物的安全浓度、药物对病原体的致死浓度确定药物的使用浓度。（2）内服药给药量的确定。根据鱼的总体重和每日投饵量确定给药量。
给药时间 一般选择在晴天上午9-11时或下午3-5时给药，避免高温用药，阴雨、闷热天气、鱼虾浮头时不得给药。
用药疗程 疗程长短应视病情的轻重、渔药作用及其在体内的代谢过程而定。内服渔药的疗程一般4-6天，池塘泼洒药物时，如需连续用药，一般间隔1天施用1次。
另外，养殖者应加强对渔药使用休药期意识，避免用药后短时间内将养殖品种上市出售。