微生物农药可与化学杀虫剂、除草剂混合使用，但不能和化学杀菌剂混用。
原因是杀菌剂的功能主要是用以杀死细菌、真菌、病毒等微生物，或对上述微生物的生长发育有抑制作用，若将一些化学杀菌剂和青虫菌、白僵菌等微生物农药混合使用，这些微生物农药就会被化学杀菌剂所毒化，而失去原有的药效。所以，它们之间不能混合使用，甚至这两类农药的连续使用也要间隔15-20天，如果先使用化学杀菌剂，要等药效完全消失后，才能再使用微生物农药；反之，也应这样要求。只有这样，才能保证这两种药剂都能达到有效地防治目的。
