莴苣菌核病为真菌性病害，植株感病后，先是近地面的叶柄呈米黄色腐烂，然后叶片枯萎，接着整株腐烂。湿度大时，病部产生白色棉絮状物，后期在茎内外产生黑色鼠粪状菌核，病株叶片变黄，凋萎，全株枯死。土壤中的菌核在秋天或春天长出子囊盘散出子囊孢子，随空气传播。
在整地前对田间灌水，可使菌核死亡。早春多雨天气，保护地内提倡每亩使用45%乙熏灵250克或50%百菌清粉尘剂1000克防治，每周一次，连续2～3次。还可选用50%速克灵可湿性粉剂1000～1200倍液、50%农利灵可湿性粉剂1000倍液、40%施佳乐悬浮剂800倍液、65%腐霉灵可湿性粉剂600～800倍液、40%嘧霉胺可湿性粉剂600倍液、40%菌核净可湿性粉剂500倍液、50%苯菌灵粉剂1500倍液、50%扑海因可湿性粉剂600～800倍液喷雾，7～10天一次，连续3～4次。