一是棉花种子的准备首先选择饱满成熟的棉花种子。饱满成熟的棉花种子种皮结构致密而坚硬，外有蜡质可防御外界温、湿度的影响，种皮内含有约7.60%的鞣酸物质，具有一定的抗菌作用，贮藏性好，未成熟的棉花种子不耐贮藏。所以应选择霜前花的棉子做种用贮藏。其次是剔除破损粒、霉烂粒、病虫粒等不健康的棉花种子。严格控制棉花种子入库指标。棉花种子安全入库标准为：水分不超过11%-12%，净度不低于99.5%，发芽率在80%以上。这三项指标中有一项达不到即为不合格棉花种子，不能入库贮藏。
二是仓库的准备首先应对仓库全面检查，确定仓库门窗关闭是否灵活，隔热和密封效果是否完好，监控仓库温、湿度的仪表是否能正常工作等。其次是清仓和消毒。清仓和消毒是防止品种混杂和病虫孳生的基础。清仓不仅将仓内不同品种的棉花种子、杂质、垃圾等全部清除，还要清理仓具、输送管道以及铲除仓外的杂草等。空仓消毒可用敌百虫或敌敌畏等处理。
棉花种子贮藏期间的管理工作
湿度检查入冬以后，水分在11%以下，每隔5天至10天检查1次。12%以下则应每天检查。湿度检查应在仓内的不同方位、不同层次定时定点进行。
通风必须根据仓库内外的温度和相对湿度而定。当外界温、湿度均低于仓内时，是通风的最佳时机，此时通风既可降温又可排湿；当仓外温度与仓内温度相同、而仓外湿度低于仓内或仓内外湿度基本相同，或仓外温度低于仓内时，也可以通风，前者以散湿为主，后者以降温为主。
定期检测棉花种子质量棉花种子贮藏期间要定期检查棉花种子质量，以便及时了解棉花种子的贮藏情况，检测通常包括棉花种子发芽率试验、水分测定、游离脂肪酸测定，如发现问题应及时解决。
防火棉子有短绒，本身含油量又高，遇到火种就容易引起燃烧。所以要严禁火种接近棉花种子仓，仓库周围也不要堆放易燃品。