秋冬季是生产食用菌的黄金季节，但每年因接种污染给菇农造成的经济损失在20％左右。采用以下5种方法，可降低接种污染率。
一、瓶装发酵料在培养基的上方离瓶口4厘米处装入1～2厘米深的发酵料，再灭菌。其优点是杂菌不易浸染培养基，并且菌种的菌龄一致。
二、麦粒发芽法让麦粒发芽后再装瓶灭菌。即一次性让做菌种的麦粒发芽，芽的长度为麦粒的1～2倍，再充分晒干贮存。在做菌种的前1天，浸泡麦粒12小时，直接装瓶灭菌。其优点是省去煮麦粒的过程，发菌快，杂菌少。污染率在2％～3％。
三、使用液体培养基传统菌种培养采用的是固体培养基，固体培养基的缺点是发菌慢，菌龄不一致，杂菌浸染的几率大。改进的方法是使用液体培养基，这就克服了固体培养基的缺点，可以直接把用液体培养基培养的菌种作为栽培种进行栽培，污染率可降至2％。
四、从原种瓶的下部接菌原种瓶下部的菌种菌龄短，生命力旺盛，并且杂菌少，接种后菌丝吃料快，污染率低。建议将正常原种瓶口上部1/5的原种弃掉，污染率可降至3％。
五、合理安排制种季节在高温潮湿环境中，杂菌蔓延快。改进方法是在气温较低的时间接种，如早晨或晚上。如果在有空调的室内接种效果更佳。
