1.辣椒青枯病。症状：病株叶片中午萎蔫，傍晚恢复正常，2—3天后植株逐渐枯死，但叶片仍保持绿色，只是颜色较淡，无光泽，故称为青枯病。切断病茎可见维管束呈褐色，用手挤压断面有白色粘液渗出，为病菌的脓液。
防治措施：①与禾本科作物轮作。②种植抗病品种。③改良土壤。对酸性土壤应结合整地每667平方米施入60—80kg石灰，以消毒土壤，并使土壤呈碱性。④出现病株时应及时拔除，并在病窝周围撒入适量石灰，防止病菌蔓延。⑤发病初期用浓度为200mg／kg的硫酸链霉素或20％叶青双800倍液浇根，每株浇250ml左右。隔7天后再浇一次。
2.辣椒病毒病。症状：病株表现为花叶、黄化、坏死、畸形4种类型。以花叶型为主，病株叶片绿色消褪，产生黄绿相间的斑驳或黄褐色环斑，幼叶受害变窄小，叶缘上卷，叶脉皱缩畸形，叶面凹凸不平。病株比健株明显矮小，少数病株叶脉呈褐色或黑色坏死。
防治措施：①播种前用10％的磷酸三钠浸种20—30分钟，进行种子消毒。②尽量减少农事操作，以免造成人为传播。③该病在田间主要靠蚜虫、螨类传播，故应在前期传毒害虫刚出现时做好防虫灭病工作。防治药剂可选用20％病毒A500倍液，加10％的一遍净可湿性粉剂或20％的灭蚜松可湿性粉剂，配成1000倍液喷雾，隔7—10天喷1次，连喷2—3次，即可收到明显效果。
3.辣椒炭疽病。症状：受害叶片初为水渍状斑点，后逐渐发展成边缘褐色、小间灰白色、近圆形病斑，病斑上轮生小黑点。病叶易脱落，果实发病初呈现水渍状黄褐色斑点，后逐渐扩大成近圆形或不规则的褐色凹陷病斑。病斑上有同心轮纹并密生小黑点，湿度大时病斑上可看到浅红色粘稠物，干燥时病斑干缩破裂。
防治措施：①实行轮作，选用抗病品种。②进行种子消毒，播种前用52％温水浸种12分钟，并用占种子重量0.3％的福美双或50％克菌丹可湿性粉剂拌种。③增施磷钾肥，合理灌溉，及时除去老、病叶和病果。④可在发病初期用75％百菌清600倍液或50％的福美双可湿性粉剂500倍液喷雾，每7—10天喷1次，连喷3次。