芹菜心叶变黑、变褐的现象是由多种原因造成的，应根据症状，诊明病因，对症治疗、方能取得疗效。造成芹菜叶片基部及心叶变褐色、黑色的病害有如下几种：
一、心腐病
开始时，芹菜心叶叶脉间变褐，叶缘细胞逐渐坏死，呈黑色、褐色，最后心部腐烂。该病为生理性病害，主要是植株缺钙造成的。连作的地块，不注意施用钙肥，造成钙素缺乏；浇水过多或大雨淋浴，把土壤中有效的钙素冲刷损失了，造成钙素缺乏；土壤中氮肥施用过多，造成铵态氮积累过多，抑制了钙素的吸收；土壤干旱，植株缺乏水分供应，钙素不能被吸收供应；在大雨或浇水后，空气湿度极大，抑制了植株的蒸腾作用，根系不能正常地吸收水分和钙素，上述因素均能造成钙素缺乏而致发病。此外，由于管理疏忽，病虫害严重，特别是发生根腐病、根结线虫病的植株，根系的吸收功能大大降低，造成钙素缺乏也能导致发病。防治措施：土壤中施用铵钙镁等钙素含量较高的肥料；及时浇水，防止干旱；及时防治病虫害；加强管理，每20天喷施天然芸苔素——硕丰481的万分之一液一次，促进根系生长发育，提高吸收能力。
二、缺硼症
发病时，叶柄异常肥大、短缩，并向内侧弯曲。弯曲的部分内侧组织变褐，逐渐龟裂，叶柄扭曲以至劈裂。严重时，幼叶边缘褐变，心叶坏死。该病是由于缺硼造成的生理性病害我国北方地区，大多数土壤中硼的有效含量太低，加上不注意施用硼肥，所以发病较普遍。防治方法是土壤施硼肥，每亩施硼砂1公斤，或用0.1％～0.3％的硼砂水溶液根外喷施。
三、黑腐病
多发生在接近地表的根茎部和叶柄基部，有时也为害根部。病部变黑腐烂，其上生许多小黑点。植株生长停滞，外边1～2层叶片因基部腐烂而脱落。该病为真菌性病害。防治方法：
1.品种：选用耐病的品种。
2.种子：从无病田块或无病植株上采种，防止种子带菌。带菌种子用48℃温水浸种30分钟，再用冷水浸5～10分钟；也可将种子存放3年后再使用。上述二措施均可部分消灭种子上携带的病菌。
3.轮作：实行2年以上的轮作。
4.田间管理：育苗时采用遮阴、遮雨措施、防止强光、雨淋，减少发病条件。生长期防旱、防涝、合理密植、科学灌水.防止田间湿度过高。及时清除田间病株，携出田外深埋或烧毁。生长期每20天喷施天然芸苔素——硕丰481的万分之一液一次，促进生长发育，提高抗病力。
5.药剂防治：发病初可用50％甲基托布津500倍液或77％可杀得500倍液喷雾防治每7～9天1次，连喷2～3次。