目前微波真空冷冻干燥设备主要用于高价值和高品质的食品的生产，如保健食品、高档调味料等。可细分为：
一、是用于调味品的生产。若以高温对生姜和大蒜进行处理，则这两种物料中的香辛味物质很容易遭到破坏，从而导致其含量下降。如果采用微波真空冷冻烘干机设备对大蒜和生姜进行处理，则能较好地保留原料中的呈味物质和营养物质，可以生产出高品质的大蒜粉和生姜粉。
二是用于保健品的生产。包括蜂王浆冻干粉、纯蛇粉、龟鳖粉、冬虫夏草、鹿茸、人参、螺旋藻粉等。
三是用于高附加值农产品加工。如脱水蔬菜、脱水肉制品、脱水海产品，这些采用微波真空冷冻烘干机方法生产的半成品或者产品，重量很轻、复水性能十分良好、复水后的色泽和状态新鲜如初，且便于携带、储存和运输，在常温下可以保存3年。这些加工后的脱水产品，作为一种高档配料，可用作方便食品如方便面、方便米粉的调味包的配料。