一、品种选用不当。春季栽培香菇，早春制袋，秋、冬、春季出菇，应选择中温或低温型，迟熟性品种，如939、渭香一号等。反季节栽培香菇，晚冬或早春制袋，晚春、夏、秋季出菇，宜选用中温或高温型，早熟性品种，如申香10号、申香6号、931、武香1号等。若反季节栽培选用的是迟熟性品种，接种后须经3-4个月，菌丝才能达到生理成熟，若菌筒完好，可安全越夏，当年晚春和夏季不会出菇，要到秋冬和翌年春季才能出菇。同样若春季栽培选用的是中高温型、早熟性品种，接种后60-70天发菌，到出菇时，气温升高，应按照反季节栽培技术进行出菇管理，深冬及早春季节菌棒养分几乎耗尽，产量锐减，无生产意义。防治方法：根据当地气候条件和栽培季节选用适宜的品种和相应的栽培技术。
二、菌丝营养不足。⑴木屑不合格。选用的果树枝条等阔叶林木屑腐朽变质，致使供应香菇正常生长发育的有效营养不足甚至枯竭。选用的松、杉、樟、柏等针叶树木屑未经处理直接使用，所含烯萜类物质能抑制甚至杀死香菇菌丝，造成菌丝营养不足，出菇受挫。预防方法：选择果树、柞树、桦木等蔷薇科、壳斗科、桦木科的阔叶树木屑较为理想，这类树的木屑新鲜，干燥、无虫害、无霉变。⑵管理不合理。主要表现在制袋养菌、越夏和间歇养菌三个时间段。预防方法：通过刺孔、加温，疏堆，通风、遮阳等措施控制养菌，越夏的菌棒环境温度为18-25℃。一茬菇出菇结束后，间歇养菌时间一般在7-15天，甚至更长，以使菌丝复壮，积累更多营养，下茬菇刺激出菇时间以上茬菇菇脚菌丝转色最佳。
三、转色管理不当：有的菌棒因受光较强，空气过于干燥或翻动次数过多等的影响，往往转色过深，形成较厚的甲状菌皮，导致出菇困难。预防方法：转色期间，菇棚温度保持18-22℃，相对湿度55-75%，且维持散射光照。菌皮过厚的菌棒出菇时应通过菌棒浸水后盖膜提温方式软化菌皮，再刺激出菇。
四、菌丝发育不熟：菌丝接种到培养基上后，当发育到生理成熟时才能形成子实体。菌龄的长短受种性制约和环境条件影响，且温度是影响菌丝生理成熟的关键。中、低温型品种，菌丝生长的适宜温度为20-25℃，若菌丝长期处在20℃以下，尤其在10℃以下，虽然菌丝培养很长时间，但所需的积温不够，菌丝发育不成熟，也就不会出菇。防治方法：将菌袋置于20-25℃条件下继续培养，或把菌筒堆积起来，覆盖薄膜提高堆温，促使菌丝发育。
五、菇棚温度过低：冬季或者早春菇棚温度低于8℃就会造成不出菇，这是香菇的生理特性决定的。预防方法：通过烟道、火炉、暖气、菇棚晒膜等方式提温，使菇棚温度达到8-25℃。
六、菌种质量不高：防治方法：生产菌种要做好出菇试验示范，严格控制传代次数，一般要控制在3次以内。菌种场要有生产菌种的基本设施及保存菌种的条件。杜绝原种再扩制原种，栽培种再次扩制栽培种。栽培者购买菌种时，要在技术部门指导下，到信誉良好、技术力量雄厚的科研单位购买，问清品种名称，特性，并挑选生长整齐健壮的适龄菌种，不用退化菌种和老化菌种。