甘薯在贮藏过程中最大的问题是烂窖。一旦烂窖，轻则会降低甘薯的品质，重则会导致全窖甘薯烂掉，造成不同程度的损失。甘薯烂窖多由生理性病害和侵染性病害所致。生理性病害主要是在温度不够合适时发生，如果窖温长期低于10℃，易发生冷害，引起烂窖。如果窖温长期高于20℃，则有利于弱寄生菌侵染和黑斑病扩展蔓延，从而引起烂窖。侵染性病害可分为两类：一类是大田已经发生，又在贮藏期间继续蔓延的病害，如 黑斑病、茎残病等；另一类是贮藏后又发生的病害，如软腐病、青霉病等。
预防甘薯烂窖应采取如下技术措施：
一、谨慎建窖。薯窖宜建在背风向阳，土壤结实、干燥的地方。要求薯窖保湿、通风，检查、管理方便，不易倒塌。旧窖使用前应喷洒1.5%的福尔马林液消毒。要求收薯前提早建窖。
二、适时收获。为避免冻害和冷害，应在轻霜前趁晴天收获。当天割蔓，当天刨薯，当天晾晒，当天入窖。收获过程中需轻放、轻装，以减少薯块创伤。
三、贮前挑选。入窖前要仔细挑选，彻底剔除病薯、伤薯和霉烂薯。贮藏量以占窖容量的2/3为宜。窖大薯少不保温，窖小薯多温度高，湿度大，易发生软腐病。
四、调温管理。入窖初期保持窖温20℃左右，注意通风透气。一周后窖温维持在12℃～15℃，这是甘薯贮藏期的最适宜温度。随着气温下降，适时封闭窖口，加盖覆盖物，使窖面最低温度不低于10℃。在窖上设一小孔，插一温度计，随时观察窖温。早春随着气温的升高，及时减少覆盖物，逐步加大通风管，避免窖温过高或过低。
