由自身器官、组织体细胞所形成根系的砧木。因系母株的营养体繁殖而成,其遗传性与亲本相同,可保证砧木苗和果苗的一致性;但自根砧缺乏主根,根系分布较浅,固地性不强,对旱、涝、寒、风等的抗性亦较差。因此,对气候、土壤条件要求比较严格,且繁殖系数较低,自根砧常用于因实生繁殖变异大,不能保持一致性的砧木树种,或种子稀少、种子发芽率低的树种。
自根砧的繁殖,需要建立自根砧母本园,从母本园剪取插条进行扦插繁殖,或选建母本材料繁殖圃,圃内就地将母株枝条压倒进行压条繁殖,培养出自根的砧苗,栽植于苗圃中的成苗培育区,供嫁接繁殖果苗利用。