枇杷果实病很多，主要有：
炭疽病
该病主要危害果实，有的年份叶、嫩梢受害也重。有的年份发病很重，有的年份很少。果实初发病时，为淡褐色水浸状圆形小斑点，后变为深褐色圆形或椭圆形，病部凹陷，形成同心轮纹状的黑色病斑，密生小黑点，即为病菌的分生孢子盘。当有雨水或湿润时，分生孢子盘内粉红色粘物(即分生孢子团)就会溢出。后期病斑扩展很快，常数个病斑连合成大病块，使果实软腐或干缩。
病原菌是一种子囊菌，以菌丝体在病果残体及带病枝梢上越冬。翌年春季温暖多雨时，产生新的分生抱子，新分生孢子随风、雨、昆虫传播再次危害。园地排水不良，树梢密蔽，氮肥过多，遇上连绵阴雨，幼苗、果实发病多。遇大风、冰雹等灾害性天气，叶片易发病。晚熟品种成熟期正值梅雨季节，发病重。 防治措施为加强园地开沟排水，苗圃地要选高燥能排能灌之处；增施磷钾肥等，增强树势，提高抗病能力；果实采收期结合修剪，清除病果、病梢；拔除病苗就地烧毁或深埋，以减少病原；对上年发病重的枇杷园，于果实转色时用0.3％～0.6％等量式波尔多液或50％托布津500～600倍液喷射1～2次，以保护果实及幼苗。
果实栓皮病
枇杷果实栓皮病(暂名)，俗名“燥皮”、“脆皮果”、“和尚头”、“癞头疤”。据黄岩市民主乡和江口乡的部分村庄调查，发病较多的年份，其发病株率可达56.9％～68.4％，单株果实发病率达27.5％～34.6％，严重的高达82.9％～85.4％。被害果实外观丑陋，严重影响其鲜销果实的商品价值，且感病的果皮较脆，不易去皮，为枇杷果实的主要病害。
幼果感病初期，果面呈油渍状熟印，色泽比未受害部位深绿发暗。用显微镜观察被害果皮，发现附生在里面的茸毛和蜡质大多失落，果皮l～4层细胞软熟模糊。随着幼果的发育，病斑逐步变成栓皮干燥，呈黄褐色。果实成熟时，果面的健部为橙黄色，而病部则呈黄白色或灰白色栓皮斑疤，并有爆裂的细屑，故称“栓皮病”。
病斑有两种形状：一种为圆圈形，在果顶环绕萼筒四周，宽度0.8～2.3厘米，状似剃成的头发圈，人称“和尚头”；另一种为块斑形，发生在果实的一侧，块斑直径0.5～3.0厘米不等，块斑不规则，人称“额头疤”。感病的果皮变脆，撕皮易断。这种果实加工罐头，工耗大，成品不美观，人称“脆皮果”。枇杷果实栓皮病是幼果的局部果面遭受霜雪冻害后形成的生理性病害。当果面凝聚的霜雪(主要是凝霜)融化时，由于局部温度急剧降低，导致果皮细胞冻伤，之后，冻伤部位愈合成栓皮化。枇杷的幼果大多是果顶向上，果顶形成圆圈形的病斑。若有部分幼果侧生，则其凝霜在果侧，形成块斑形的病斑。
防治方法
①喷水。于每次霜冻夜19时至次日7时，每隔半小时喷水洗霜(因下雪天不宜喷水，改用塑料薄膜遮盖)，平时则不喷水、不盖膜。②熏烟。霜冻夜用柴草和草皮泥为熏烟材料，每667平方米按6堆进行熏烟。②束枝。于每次霜冻或下雪前，将3年生枝序为1束，用绳子束裹。待雪后或霜后的翌日上午8时解开束裹。雪天还应及时摇雪，以免枝折。④盖膜。于霜冻或下雪前，树冠用白色塑料薄膜遮盖，待霜、雪过后取下薄膜。
裂果病
枇杷裂果病各地均有发生，但受害程度各地差异很大，如1981年福建莆田县华田乡霞皋和山牌村的大钟批把裂果率高达84％。
症状：在果实迅速膨大期，久晴少雨后，突然下雨，致使果肉细胞迅速膨大将外果皮肤破，果实皮肉裂开。发病果易引起多种病菌(主要是炭疽病)感染和害虫寄生。发病规律：此病多发生在树势过旺的徒长树以及果皮过薄的品种，在北纬25度以南发生严重。
防治措施：在幼果迅速膨大期，勤行根外追肥如0.2％尿素、0.2％ 硼砂或0.2％磷酸二氢钾等有较好效果。在果皮转淡绿色时喷布1000毫克／千克的乙烯利有明显的预防效果，裂果率比对照降低8.3倍，且成熟期提早10天。套袋对防止裂果有明显的效果。选用不易裂果的品种。
紫斑病
枇杷紫斑病只影响外观，几乎不影响肉质，故末引起人们的注意和研究。症状：在果实上发生紫红色的锈斑。发病规律：此病是在枇杷果实成熟后期突然出现的症状。它与阳光照射有密切关系，收获期遇持续晴天，阳光强烈的天气，发生此病最多。此病在不同品种之间的差异很大，因此常作为品种的特性加以记载。
防治措施：最有效的措施是进行果实套袋。
栓皮病(癞头疤)
枇杷栓皮病主要影响果实外观，分布区与冻害发生地区相一致。症状：3月下旬开始，在果实表面出现略显黄色的病斑，病斑部分果面的茸毛脱落，变为褐色，进而发展为环状的癞头疤，接近成熟时，病斑表面产生龟裂。发病规律：此病一般发生在急骤降温时，幼果表面因寒霜、冰雪危害，引起表面数层细胞坏死而造成栓皮现象。
防治措施：在易于发病的园地和品种，及早给幼果套上双层袋，可有效避免果实发病。亦可在冻害发生时熏烟或束草保护果实。
脐黑病
症状：所谓脐黑病，是一种在果顶部的萼片及其附近，即称作果脐的部分，最初呈现青绿色，后因失水而丧失新鲜感，并最终变为黑色的一种生理性病害，现已弄清楚，脐黑病的脐部变黑是因为该部分组织坏死所致。本病易于和脐青症混淆，为了延长贮藏期，人们常在完熟之前采收果实，这时的果实，脐部大部呈青绿色，而在适宜条件下充分成熟的果实，其脐部呈黄色。虽脐青症可能引起脐黑病，但脐黑病毕竞还是一种单独的病害。
发病规律：据观察，一般果穗向上的品种发病多，树势强的树发病多，树冠上部发病多，阳光直射的果穗易于受害，套袋比不套袋发病重，套袋时间长的发病多。由以上现象推断，发病的原因是由于高温所引起。在高温条件下，果实尚未充分肥大已开始着色，糖度高而果汁少，果肉易于硬化，果实虽然在短时期内完成了成熟过程，但实际尚未达到正常的成熟，在这种条件下，果脐部水分供给不足，从而致使发生组织坏死。 防治措施：由于其病因是一种高温伤害，故最好的防治办法是避免遭遇高温，现最为简便易行的是改进套袋方法，即树冠外围和顶端采用报纸那样透光率低的纸袋，而在阳光不能直射的部位，采用透光率高的纸袋