食用菌栽培是一系列复杂操作的工作程序，包括种菇选择、母种选育与保存、菌种制备、出菇管理及市场销售等，每个程序都有至关重要的细节操作。但育种是这些工作中首要的一项工作，没有优良的菌种，不管其他工作程序准备及管理得多么好，都会造成减产或失败。
（一）自然选育
自然选育是最古老、最简便、应用最广的选种方法。它是先分离和收集各地的有关菌株，然后通过生产试验比较各菌株的生产性能，选留最优者。
泾阳真菌研究所为提高灵芝产量，先后从全国各地引进21个菌株，进行系统的栽培比较，特别是对各菌株的菌丝生长速度，对环境的抵抗力，出菇早晚，产量高低，菇形大小，香味浓淡，苦味程度等各方面进行了详细的评比，最后评选出"赤芝丁'等优良品种。
只要我们经常注意菌种的选育，不断淘汰劣等菌株，选留优秀菌株，就能使生产丰收，质量稳定。
（二）诱变有种
诱变育种能大幅度地增加菌种的变异量，从而人们能从诱变后的群体中筛选优良菌株。常采用物理、化学等诱变剂来动摇菌种的遗传性，直接或间接地作用于核酸物质，能强烈地引起菌种的变异。诱变育种的诱变剂很多，常用的有紫外线、X光线、Y射线及硫酸二乙酯（DFS）、5-溴尿嘧啶（5－BU）、氮芥（Nm）、N'广甲基N'亚硝基胍（NTG）等。
诱变育种方法有三个步骤：一是准备孢子悬浮液，将新鲜的食用菌无菌孢子移入5毫升无菌生理盐水或磷酸缓冲液中，摇匀后即成孢子悬浮液。孢子悬浮液的浓度以每毫升含孢子106～109个为宜。二是诱变处理，用诱变剂处理如紫外线处理，诱变处理应在暗箱内进行，箱内装15瓦紫外灯1支，悬挂于30厘米高处，诱变处理时应先开灯20分钟，使波长稳定，然后将相于悬浮液倒入直径为6厘米的无菌培养皿中，打开皿盖，照射0.5～1分钟。照射后的孢子悬浮液每毫升所含的活孢子数约在105～108个。因此要得到单个菌落，必需先用无菌水将照射后的孢子悬浮液稀释1000～10万倍。然后取释释液0.2毫升涂布于装有琼脂培养基的培养皿上，在25℃下培养5～10天，这时就能在每个平板上得到数十个单菌落。选纯正、健壮的单个菌落移入斜面试管内，供进一步测定筛选。三是挑菌筛选，诱变处理只是扩大了它的变异范围，并不能决定变异的方向，所以诱变最大的困难是筛选，只有在大量的、各种各样的变异中，才能筛选到符合需要的变异个体。这样就需将诱变后的孢子经培 养长出菌落后应及时挑菌，选发育健全的单个菌落移入斜面试管内，一个菌落只接一支斜面，待外面长好后，再分别接 入2～4瓶原种中，然后进行栽培试验，反复比较各菌落的生产性能，择优留取。
（三）杂交育种
杂交育种是培育菌种的有效手段。诱变育种主要是通过改变核酸分子而引起变异，而杂交则是通过2个或几个亲株的染色体片段的交换或重行组合而获得新性状的。进行杂交时，亲代必需有标记。凡同宗接合的食用菌，可用营养缺陷型来标记。营养缺陷型是指在营养特征上表现某种缺陷的变异菌株。它在不含氨基酸、维生素等有机物的基本培养基上不能生长。我们可以把2个不同品种的营养缺陷型混合接种在基本培养基上，如果它们能生长，即就意味着它们可能进行了杂交。对于异宗接合的食用菌，可以利用菌丝的性别来 进行杂交，取来自两种不同品系的单孢子分离物混合接种在一起，经培养后，凡出现双核菌丝的组合，并能正常结实，就证明能杂交。通过杂交亲代的选择，就能得到融合亲代优点而除去亲代缺点的优良菌种；使生产水平大幅度地提高。