香菇菌种
菌丝洁白、粗壮、舒展、均匀，边缘整齐，生长速度快；在瓶壁呈扇面羽毛状发展，生长健壮，会分泌酱油色的水珠。菌丝长满瓶后，10~15天内常见到琥珀色透明液体，并具有香菇特有的芳香气味，无臭味和霉味。
如瓶内菌丝柱与瓶壁脱离，说明培养料水分过多所致；若既脱离，菌丝柱又开始萎缩，表面菌皮增厚并变为深褐色，说明菌种已开始老化，不能久存，应立即使用。
若菌种柱表面已出现小菇蕾，是好菌种的特征之一，应去掉菇蕾尽快使用；若出现大量菇蕾，则说明菌龄较大已老化，不宜使用。
如果菌种瓶内可以看到木颗粒，是培养时间不足，应再继续培养一段时间。若所用的米糠质量太差（含谷壳太多），致使菌丝生长不良，应更换培养基，重新生产。
草菇菌种
菌丝密集，健壮，分布均匀，透明，有光泽，呈淡黄白色。有大量黄白色或锈红色的厚恒孢子堆，为正常的小粒草菇菌种；若厚孢子较少，为大粒草菇菌种。
若瓶内菌丝萎缩、凋零，生长无力，培养基干涸或腐烂，为老化菌种，不能使用。
若菌丝洁白、浓缩或瓶内长出墨汁状伞菌为鬼伞，也不能使用。
栽培种的菌龄一般不超过20天。
若菌种中出现螨害，应予淘汰。
黑木耳菌种
菌丝洁白，像细羊毛状，毛短整齐，浓密，粗壮有力，齐头并进地延伸直至瓶底，生长均匀，上下一致，挖出来成块，不松散。
菌丝长满瓶后，在菌体表面一般会分泌出褐色水珠。以后在瓶壁四周和表面出现浅黄色透明胶质耳芽。
菌种柱与瓶壁紧贴，瓶内壁附有少量白色水珠的为新鲜菌种。若瓶底有浅黄色积水，菌柱离壁干缩，为老化菌种，不能使用。
正常的菌种有黑木耳特有的芳香气味，若有臭味和霉味，或出现斑块状及球状不发菌的现象，是细菌污染，若有其它红、绿、黄、黑等色，说明已被杂菌污染，也不能使用。
培养基与瓶壁之间若出现浅黑色的胶质物（耳基），说明是早熟或扩接次数过多的菌种，栽培后耳片小，数量多，不易长大，品质差，产量低，应予淘汰。
若瓶内可以看到木颗粒而菌丝很少，说明培养时间太短，应继续培养。若培养一段时间后没什么显著变化，说明培养基营养不足，应予补充。
如果菌种长至一半左右或一个角落不再继续生长，可能是太干或太湿之故。若菌丝生长整齐，浓密，突然出现稀疏，并有一明显的分界，说明上部料适中，下部压得过实过密。
种木和枝条菌种的表面和内部均应长满白色绵状菌丝，若剖开后不见菌丝，说明种木和枝条太湿，菌丝发育时间太短，应继续培养。
银耳菌种
香灰菌丝呈羽毛状，生长健壮，初期分布均匀，白色，后期在耳基下方出现成束根状分布，表面黑色疤圈多，无其他色斑，说明香灰菌生长良好。
银耳菌丝深入培养基即“吃”料深，在耳基下方有厚厚的一层银耳菌丝，木屑颜色变淡，说明菌丝分解力强。
银耳菌丝和香灰菌丝二者比例适中，在培养基表面形成洁白体大的白毛团。白毛团生长旺盛，耳基大，说明菌龄小，生活力强，适合木段栽培；若白毛团很小、很多，或瓶内很快出现子实体，说明扩接次数过多，菌龄过大；若白毛团易胶质化变为小木耳，说明菌种已接近生理成熟，均宜代用料栽培。
若香灰菌稀疏，不深入培养料中，子实体呈胶团状或胶刺状，不开片，说明培养基太湿或装得过实。
如果已有羽毛状的香灰菌，没有白毛团，则必须如银耳酵母状分生孢子才能使用，否则不能使用。
如果上半瓶菌丝稀疏或消失，下半瓶菌丝生长正常，而且耳基变淡红色，产生大量红褐色液体，多半是发生螨害。若发现白色絮状菌膜，则为杂菌污染，均不能使用。
蘑菇菌种
优良蘑菇菌种的菌丝为灰白色，密集，蓬松，呈细绒状，上下内外生长均匀一致，抗高温，抗病虫杂菌，吃料快，无扇形变异。匍匐型菌种的菌丝呈细绒状分布，无黄白色的菌被。
培养料中的菌丝呈粗索状或细线状，呈淡黄色。菌丝干瘪萎缩，生长无力，或者上方出现很厚的黄白色菌被，均为老化菌种。
出现绿、黄、黑或桔红色等染菌孢子的菌种必须淘汰烧掉。
培养基上部菌丝干缩变质，下部菌丝生长良好，说明培养基太干，培养温度过高。
若培养料中几乎见不到菌丝，内容物成糊状，说明温度过大，菌种过老，不能使用。
猴头菌种
优良的猴头菌种，菌丝洁白、浓密、粗壮，上下内外生长均匀一致。在培养料上容易形成子实体。
若菌丝干缩或瓶底有黄色黏液积存，为老化菌种，不能使用。
菌丝生长缓慢无力、纤细，可能是培养料酸度不够或有机氮不足，应在培养料中增加麸皮或细米糠的用量，以改善菌种的营养条件。
被杂菌污染的菌种不能使用
平菇菌种
优良的平菇菌种，菌丝洁白、粗壮、密集，菌丝生长均匀、整齐，呈粗羊毛状，爬壁性强。培养半个月左右，在瓶壁内可形成少量珊瑚状的小菇蕾或白色原基。
多数品种在培养基上方表面形成绒毛状气生菌丝，低温品种气生菌丝常分泌黄褐色色素，特别是在高温季节，低温品种常出现红褐色或黄褐色的气生菌丝或黄水，这属正常现象。
若培养基上方出现大量珊瑚状子实体或从瓶盖缝隙处长出子实体，说明菌龄过大，应尽快使用。若培养基干缩，瓶底积存黄水，为老化菌种不能使用。
上部菌丝稀疏、灰暗、无力、干瘪，下部菌丝正常，说明初期培养温度过高，通气不良，或有细菌污染。如果出现黄、绿、桔红色，说明已被青霉、木霉和链孢霉污染，必须淘汰。
菌丝在瓶中生长一半左右，不再向下生长，说明培养基过干、过湿、过紧，可用上部正常菌种，不再继续培养。
金针菇菌种
菌丝呈絮状，洁白、浓密、健壮、富有弹性。有时表面可见到粉状的粉孢子，为优良菌种。
如有坚韧的菌膜出现，只要除去菌膜也可以使用。
如果菌种干涸，菌柱收缩或菌丝自熔，产生大量红褐色液体，说明菌种生活能力弱；如出现黄色，则说明菌种老化。