防治大蒜青霉病，要抓好鳞茎采收和贮藏运输，尽量避免机械损伤，以减少伤口，不宜在雨后、大雾天气或露水未干时采收。贮藏窖每平方米用10克硫黄密闭熏蒸24小时。大蒜采收前7天喷洒70％甲基硫菌灵超微可湿性粉剂1000倍液或50％甲基硫菌灵·硫黄悬浮剂800倍液。加强大蒜贮藏期管理，贮藏窖温度控制在5℃～9℃、相对湿度控制在90％左右。
大蒜青霉病主要危害蒜瓣，发病初期仅一个或几个蒜瓣呈水渍状，后期形成灰褐色不规则形凹陷斑，其上生出灰绿色霉状物。贮藏期管理不善会引起严重损失。有时在大蒜收获时也可发现，可能与地下害虫有关，个别地块发病重。