软腐病
软腐病发生初期，辣椒生水渍状暗绿色斑，后全果软腐，具恶臭味，内部果肉腐烂，果皮变白，干缩后果实一般挂在枝条上，遇外力后即脱落。
防治：可用72％农用链霉素或50％DT杀菌剂或40％硫酸链霉素可溶性粉剂等药剂交替喷雾，每隔7天喷1次，连喷2～3次。
疫病
疫病发生多数先从果蒂部染病，呈水渍状灰绿色病斑，后迅速变褐软腐。潮湿天气时，表面长出稀疏的白色霉层，病果干缩不脱落。其他部位如茎杈枝叶上，常有水渍状褐斑。
防治：可用64％杀毒矾与55％瑞毒霉混合液（两种药剂各加30克溶于15公斤水中），或58％甲霜灵锰锌400～600倍液或69％安克锰锌800～1000倍液或60％氟吗·锰锌750～1000倍液等交替喷雾，每隔7天喷1次，连喷2～3次。
脐腐病
脐腐病即果实脐部受害，初呈暗绿色水渍状斑并迅速扩大，病部皱缩，后期表面凹陷。常因寄生其他病菌而变黑或腐烂。脐腐病的发生主要是因为高温干旱，土壤水分供应不足，辣椒植株钙元素供应不平衡，导致果实缺钙。另外，偏施氮肥也会影响植株对钙的吸收，导致果实缺钙产生脐腐病。当土壤中含钙量在0.2％以下时容易发生该病。
防治：可用1％的过磷酸钙溶液或0.1％的氯化钙溶液喷雾。另外，如病部变黑或腐烂，可结合黑霉病或软腐病同时防治。