芹菜斑枯病主要危害叶片，其次是叶柄和茎。老叶先发病，病斑初为淡褐色油浸状小斑点，边缘明显，以后发展为不规则形，颜色由浅黄变为灰白，边缘深红褐色，上面聚生很多小黑粒，病斑外常有一圈黄色晕环。叶柄和茎部的病斑呈褐色，长圆形稍凹陷，中间散生黑色小点，严重时叶枯茎烂。该病属真菌性病害，发病适温为20～25℃、适宜湿度为95%以上，保护地芹菜发病较重。连阴天、气温波动频繁或白天燥热、夜间结露、植株长势弱、灌水较多、通风排湿不及时等，易导致病害迅速蔓延。
防治芹菜斑枯病，应采取综合措施。（1）种子消毒。芹菜斑枯病病菌的致死温度为49℃左右，播种前用热水浸种30分钟可杀死部分病菌，浸种时要不断搅动。（2）平衡施肥。基施充分腐熟的有机肥，生长期增施磷钾肥，控制氮肥用量，并及时喷施叶面肥和微肥，增强植株抗逆能力。（3）降温排湿。白天棚温控制在15～20℃，超过20℃及时通风，夜间控制在10～15℃，缩小昼夜温差，减少结露。不能大水漫灌。（4）及时清除保护地内的病残体，减少菌源。（5）药剂防治。在芹菜苗高3厘米时开始喷药保护，适用药有70%代森锰锌可湿性粉剂、58%甲霜·锰锌可湿性粉剂、杀毒矾64% 霉·锰锌可湿性粉剂、75%百菌清可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂等，每隔7～10天一次，连续防治2～3次。发病期及早施药防治，尽量避免喷雾施药，可以每亩用45%百菌清烟剂200～250克熏烟，或者每亩用5%百菌清粉剂1000克喷粉，以降低棚内湿度。