农作物在生长发育过程中，除需要氮磷钾等大量元素外，还需要一定数量的微量元素肥料。在秋播作物中，麦类施用锌肥，油菜施用硼肥，豆类施用钼肥，大蒜施用硒，马铃薯施用锰肥等，它们虽然施用量少，但是必不可少。如油菜缺硼会“花而不实”、秕粒增多，萝卜缺硼会出现空心，花菜缺硼茎秆会开裂，绿肥缺钼根瘤生长不良等。采用下列几种方法巧施微肥，对秋播作物能收到很好的增产和提质效果。
浸种法先将有关微肥用水稀释好，然后将种子投入微肥液中，使种子吸收肥液而膨胀，肥分随水液进入种子内。因此，在浸种过程中，必须经常翻动种子，使种子均匀吸收肥液，常用的浸种浓度和时间为：钼肥以0.05%~0.1%的钼酸铵溶液浸10~12小时；硼肥以0.05%的硼砂溶液浸4~6小时；锌肥以0.05%的硫酸锌溶液浸12~24小时；锰肥以0.1%硫酸锰溶液浸8~12小时；稀土微肥以0.03%~0.1%的硝酸稀土浸10~12小时。种子浸好后，捞出晾干后即可播种。
拌种法先用少量水将有关微肥溶解，配成高浓度的肥液，然后用干净的喷雾器将肥液喷洒在种子上，边喷边拌，使种子表面沾上一层肥液，一般每0.5 公斤种子仅用微肥1~4克，待种子吸完晒干后即可播种。如果是干拌，则需将微肥粉末与种子充分拌匀，拌种用量一般按每公斤种子用量为：硼砂2~6克，钼酸铵2~4克，硫酸铜8~15克，硫酸锌4~6克，硫酸铜4~6克，稀土微肥2~4克。
土施法秋播作物播种时，将微肥0.5~1.5公斤与种子同时播入播种沟内，如果土施数量足，可供作物整个生长期利用。实验表明，微肥用量大时，植株体内微量养分含量就大，由于微肥在土壤中易被土壤颗粒固定，用量较大，投资较高，所以要尽量集中使用，以减少当季损失土施的微肥，不仅当季或当年，而且持续几年仍可获得较好效果，因此土施法适宜经济条件较好，劳力较少的农户应用。
喷施法将微肥均匀喷施于作物叶面，由叶片吸收后再供给植株的各个部位，这是一种常用的施肥法，既经济，见效又快。做法是：先将有关微肥用水稀释后再喷。通常硼砂或硼酸为0.1%~0.25%，钼酸铵为0.05%~0.1%，硫酸铜为0.01%~0.02%，硫酸锰为0.05%~0.1%，硫酸铜为0.01%~0.02%，硝酸稀土为0.03%~0.1%。再根据作物生育期的长短决定喷洒次数。对敏感作物和缺素土壤宜多喷，每次喷洒以茎叶沾湿润为宜；并宜选择晴天黄昏喷洒，尽可能延长肥液在作物叶片上的湿润时间，增强吸肥效果。最后根据需要，将几种微肥混合喷洒或与其他肥料及农药混喷，以达到肥料互补、互促作用，以及省工多效效应。但须事先经过少量混合观察，有无浑浊、沉淀、冒气泡等不良反应，若有则不能混用，以免造成浪费和产生副作用。
注意事项：浓度要施用均匀。作物对微量元素的需求数量较少，微肥从缺乏到适用量的范围相当窄，因此，要防止用量过大，注意施用均匀。注意与大量元素肥料配合使用。在满足作物对大量元素需求的基础上，微肥才能表现出明显的增产效果。注意各种作物对微肥的反应程度。连年种植同一作物，或单施含大量元素的肥料，不注意增施有机肥的地块，就容易出现微量元素缺乏症。