1、选择干燥通风的菜园做苗床，搭遮阳棚，苗床宽1米左右，床上荫棚必须有一层塑料膜以防雨水进入。膜上遮花帘，既透光又遮阳。下雨时在荫棚上覆薄膜，防止小苗淋热雨，晴朗的热天中午要用帘子遮阳，防止秧苗被烈日暴晒。
2、苗龄要短，一般30―35天，要一次成苗，不进行分苗，防止移苗伤根感染病害。
3、大棚延后的秋番茄正是在夏季高温、多雨的季节育苗，各种病害均较严重，可在育苗期间喷1―2次500倍液的百菌清或杀毒矾进行防治。
4、后期控制浇水和防止雨水浇透，造成秧苗徒长。
5、防止幼苗徒长，用矮壮素0.1%―0.15%喷叶片，共喷2次，使苗敦实粗壮。