大棚韭菜一般采取移栽方式种植，可以在移栽后选用二甲戊灵、扑草净、仲丁灵进行土壤封闭处理。每亩用施用补330克/升乳油150毫升或48%仲丁灵乳油200-250毫升，加水50公斤喷雾，可以防除多种禾本科杂草和部分阔叶杂草，对韭菜较安全。每亩用50%扑草净可湿性粉剂100-150克喷雾，可以防除多种阔叶杂草。沙土、沙壤土上最好不要使用扑草净，以防多次灌溉后药物淋溶到韭菜根部造成药害。
老根韭菜的抗药性较强，除上述药剂外，还可以选用氟乐灵、乙氧氟草醚等药剂防除杂草。看麦娘等禾本科杂草较多的田块，可以每亩用48%氟乐灵乳油100-150毫升喷雾。为避免对韭菜生长产生影响，尽量定向喷雾，避免药液接触韭菜。氟乐灵易挥发和光解失效，喷施后中耕混土1-3厘米。对禾本科杂草与阔叶杂草、莎草混生的田块，可以每亩用果尔24%乙氧氟草醚乳油50-60毫升喷雾。用乙氧氟草醚化除，韭菜出土后叶尖会出现褐色斑点，几天后药斑可自燃消失。这些药剂均为土壤封闭处理剂，对大龄草防效差，应先人工拔除大草。老根韭菜田一般割一刀就要喷施一次除草剂，掌握在伤口愈合后施药。在伤口没有愈合时施药，药剂从伤口进入，很容易出现药害。如扑草净在伤口未愈合时使用，会抑制韭菜的光合作用，减少上市次数，同时使叶片变窄，质量下降。
喷施氟乐灵等除草剂后，应注意大棚的通风换气，否则挥发出的除草剂浓度过大，或者药物溶入棚膜上的水中，随水滴到新生韭菜叶片上，容易对韭菜产生药害。
韭菜生长期田间有禾本科杂草发生时，可以用精喹禾灵、高效氟吡甲禾灵等药防除；禾本科杂草和阔叶草混合发生时，如果草龄较小，喷施乙氧氟草醚有较好的除草效果，但容易在韭菜叶片上产生灼伤斑，影响外观。
草害严重，特别是宿根性恶性阔叶杂草、莎草发生比较严重时，如果韭菜已有一定的生长量，可以考虑先挑割韭菜（杂草不割）,用干净图适当覆盖割茬，然后喷施使它隆200克/升氯氟吡氧乙酸乳油或灭草松，防除田间的恶性阔叶杂草、莎草。其中氯氟吡氧乙酸对阔叶杂草防效好，灭草松对莎草防效好。这两种药对韭菜均可能产生一定的药害，最好不要在韭菜生长期长期直接喷施。大面积施药前应先小面积试验，成功后再扩大面积。