9月上旬，经过春夏两季长时间的采收，芦笋根部所贮存的养分已基本耗尽，长出的嫩茎变细，纤维增加，品质和产量明显下降，地上母茎枯黄，此时必须停止采收，转入秋季管理。秋季管理，重点是做好芦笋秋发茎的留养，以积累养分，为明年春芦笋高产打下基础。
一、适时选留，养足母茎，分类管理
当年移栽的芦笋植株，每个根盘保留10～15根母茎（不清园，只剪去弱小和枯黄枝条）；两年以上的留养母茎数依芦笋种植年份和田间生长情况而定。田间生长健壮无病虫害的一般不需要进行二次留茎，只需加强植株和水肥管理，一般2～3年需留足4～6根，4年以上6～10根，母茎要求均匀分布。田间植株病虫害严重的，特别是茎枯病严重的需进行二次留茎，秋发芦笋一般于9月份开始留养母茎。具体留养时间，以全田笋芽出土整齐后选晴好天气进行。
二、彻底清园，清除病菌
对于需要二次留茎的笋田，芦笋采收结束后，要及时清园，留养母茎，以免影响秋发。一般在9月上中旬前后，选晴天全部割地上母茎，连同杂草运出田至远离芦笋地的地方集中烧毁或深埋，把根盘周围的土扒开，让太阳晒1～2天。然后喷40%芦笋青粉剂600倍液加300ppm农用链霉素，或喷50%猛龙600倍液或敌克松1～1.5公斤/亩或45%施纳宁300倍液，对根盘及周围土壤进行消毒杀菌，降低病源基数，以保护嫩茎生长时不受危害。
三、重施秋肥，促茎旺发
重施秋发复壮肥，有利于促进秋茎旺发，扩大植株光合作用，积累更多的养分，为来年丰产打下物质基础。秋肥以有机肥为主，要求亩施腐熟有机肥4000公斤以上，加复合肥25公斤或磷肥50公斤、钾肥10公斤、尿素20公斤混施。在离根盘20～30厘米处，开沟15～20厘米，深施入化肥后覆土。母茎留养一个月后，隔10～15天施一次追肥，亩施尿素10公斤。9月下旬开始，每次追肥前5天或追肥后5～7天增施一次根外肥。用芸苔素等叶面肥，于傍晚或早晨喷雾在芦笋茎叶上，以增强植株，延长保绿期，积累更多的养分。
四、整枝搭架
适时松土除草，进入连阴雨季前，及时整枝搭架，防止枝叶倒伏塌地，造成根茎部小环境郁闭，及时去掉枯死的地上部分，改善通风透光条件，养茎防病，以防止芦笋茎枯病、褐斑病、立枯病的发生和传播。
五、防治病虫害
病害：芦笋最常发病害是茎枯病。防病药剂有：30%双吉悬浮剂800倍液＋50%双吉胜（原芦菌净）500倍液；30%双吉悬浮剂800倍液＋50%芦丰500倍液；50%双吉胜500倍液＋80%必得利800倍液；50%双吉胜500倍液＋70%代森锰锌300倍液；50%双吉胜500倍液＋30%灭菌净800倍液；50%复方多菌灵300倍液＋70%代森锰锌300倍液。喷药时要以地面以上60厘米的主茎为主，上部枝叶为辅，要喷透喷匀。
虫害：危害芦笋的主要害虫有：蓟马、棉蚜、蚱蜢、蝗虫、芦笋木蠢蛾、灯蛾、夜盗蛾、蝽象、黏虫、十四点负泥虫、尺蠖、蛴螬、蝼蛄、地老虎等。可用杀虫灯诱杀，并结合喷药或灌根防治。可用15%快霸星1500～2000倍液或菊酯类药剂等。
芦笋主要是出口国际市场，农药的残毒应引起高度重视，禁止使用高残留杀虫剂、有机砷类杀菌剂。