一、疫病
1、症状：甜椒全生育期均可发病。幼苗茎基部发生水渍状腐烂，病部呈暗绿色，最后以猝倒状或立枯状死亡。
2、病因：由疫霉菌侵染所致，病菌主要以卵孢子态随病残体在土壤中越冬，使土壤和种子为初侵染源。
3、防治方法：加强田间管理，发现中心病株开始施药。药剂可选用50%甲霜灵可湿性粉剂600倍液，或58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂600倍液，或64%杀毒矾M8可湿性粉剂500倍液，或77%可杀得可湿性粉剂400倍液，或72.2%普力克水剂600-700倍液等。喷药间隔7-10天，连续喷2-3次。
二、炭疽病
1、症状：叶片上出现水浸状病斑，病斑扩大后呈褐色的不规则形状，病斑中央呈灰白色，上面轮生黑色小点，病叶易脱落。果实上出现长圆形或不规则形褐色病斑，并呈水浸状凹陷，有稍隆起的同心轮纹，上面密生许多黑色小点。潮湿时病斑上产生浅红色黏稠物；干燥时病斑干缩，呈膜状破裂。有时果柄也会出现褐色不规则形状的陷斑，干燥时常裂开。
2、病因：由炭疽菌和胶孢炭疽菌侵染所致。病菌主要以拟菌核随病残体在土表越冬。翌年在适宜条件下产出分生孢子，借雨水或风传播蔓延，大多从植株伤口侵入引起发病。
3、防治方法：发病初期及时喷药，选用80%炭疽福美可湿性粉剂800倍液，或79%甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或70%代森锰锌可湿性粉剂500-800倍液，还可用5%百菌清粉尘剂等，每7-10天喷1次，防治2-3次即可。
三、根腐病
1、症状：根腐病多发生在定植不久的甜椒植株上，有多种表现症状，但通常病部仅局限于根和茎基部。病株的茎基部及根部皮层变为褐色至深褐色，呈湿腐状。最后病部缢缩、腐烂，皮层易剥离，露出暗褐色的木质部。染病初期，病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢复，反复多日后植株枯死。
2、防治方法：用金雷多米尔混多菌灵，或适乐时，或世高灌根，每7天灌1次，连灌2-3次即可。
四、病毒病
1、症状：常见症状有3种类型。⑴花叶型：叶片出现褪绿、浓绿与淡绿相间的斑驳，严重时叶片常有浓绿的疱斑，病叶窄小、增厚、卷曲，叶面畸形。⑵坏死型：叶脉、叶柄、果柄、侧枝及主茎上均生成黑褐色坏死条斑，维管束也变褐色，可导致落叶、落花、落果，以及生长点或植株枯死。⑶丛簇型：病株矮化呈丛簇状，叶小，色淡，结果少或不结果。
2、发病原因：能引发病毒病的病毒有黄瓜花叶病毒和烟草花叶病毒。黄瓜花叶病毒主要靠蚜虫传播；烟草花叶病毒主要靠摩擦、接触传播。病毒病的发生与周围环境条件及甜椒的栽培管理关系密切，高温强光、管理粗放、缺乏有机肥及受蚜虫为害严重等都能使植株生长不正常而降低抗病能力。
3、防治方法：治蚜防病可喷施NS-83增抗剂100倍液，定植前10天喷1次，定植缓苗后和盛果前期再各喷1次，还可喷洒1.5%植病灵乳油1000倍液，或20%病毒A可湿性粉剂500倍液。
此外，还有白粉病、软腐病、疮痂病等，要对症下药给予治疗。而对斑潜蝇、白粉虱、蚜虫等，最好采用黄板诱杀法，并结合药剂共同防治。