专家指出，平菇软腐病主要表现为平菇的白色菌丝在畦床表面呈蛛网状生长，并迅速蔓延，覆盖床面，包围子实体。子实体基部被菌丝包围后即感病，病菌沿其菌柄向上蔓延，最后再现为子实体停止生长，且色泽发暗，迅速变软，发黄，变褐，继而腐烂。其防治方法：一是严格处理菇棚。在菇棚启用前用蘑菇祛病王进行喷洒，密闭两天后，地面按每平方米250克的用量撒石灰粉。二是在发菌期间喷药预防。每5天左右喷1次金星消毒液50倍液，或菌绝杀200倍液等，注意药物不要直接喷洒在菇床或菌袋上。三是严格处理覆土材料。菌墙或畦式栽培时，尤其使用地表土、菜园土及从老菇区就地取土时，一定要用药物进行杀菌、杀虫处理。处理方法：先将土晒干、压碎，喷洒蘑菇祛病王60倍液和辛硫磷600倍液，边喷边拌，拌匀后覆膜堆闷，7天后即可揭膜、摊开，除异味后即可使用。四是在发病初期，将覆土连同培养料扩大10厘米左右挖除，并撒施菌绝杀药粉封口，停止向菇棚喷水，并加大通风量，有条件时应尽量降低棚温。另外注意，非特殊情况，菇农不要随便串棚。
平菇萎缩病又称猝倒病、干腐病等。病原菌为镰孢霉，染病菇体停止生长，并呈失水状萎缩，菇体色泽变暗，变干，下潮菇难以发生，严重时不再转潮。其防治方法：一是平菇采取不覆土的立体栽培方式，避免与土壤接触，可降低病害的发生率。二是原发病区，应当用硫酸铜180倍液处理菇棚，并同时处理拌料场所，避免病菌孢子进入培养料。三是在发菌及出菇期间，坚持预防性用药。四是在发病初期，将覆土连同培养料扩大5厘米左右挖除，并将其清理出棚，焚烧处理。五是在发病中、后期，摘除子囊果，挖除培养料。