一是有机食品强调的是来自有机雷竞技ap官网入口 生产的产品，而绿色食品强调的是出自最佳生态环境的产品。发展有机雷竞技ap官网入口 的重要目的是改造由于现代化雷竞技ap官网入口 而遭到破坏的雷竞技ap官网入口 生产环境，通过转换培育健康、平衡、充满活力的可持续发展的生产系统。因此两者在出发点上有本质区别，即发展有机食品的目的是改造、保护环境，而绿色食品首先是利用没有污染的生态环境。
二是有机食品和绿色食品生产、加工标准不同。有机食品生产过程强调以生态学原理建立多种种养结合、循环再生的完整体系，尽量减少对外部物质的依赖，禁止使用人工合成的农用化学品，而绿色食品标准中却允许使用高效低毒的化学农药，允许使用化学肥料，不拒绝基因工程方法和产品。
三是管理方法不同。有机食品强调生产全过程的管理，其理论依据是有好的过程必定有好的结果，而绿色食品非常注重生产环境和产品的检测结果。在认证管理上，两者也有区别，有机食品要求每年都要接受检查认证，绿色食品一次认证可用几年。
