发酵的工艺在我国历史悠久、源远流长。作为一种传统的技艺，人类早在四千年前，就已经学会利用发酵来酿酒，此后又相继用来生产酱、醋等，是人类利用大自然界中微生物，与自然和谐发展的成果。
古人将微生物发酵法用于中药的炮制，制备而成的六神曲、半夏曲、沉香曲等，就是利用微生物对天然药物进行生物转化的最早应用，是发酵中药的先河。现代生物技术的发展，更加明确的阐述了，发酵中药的机理------利用微生物代谢过程中产生的氧化、酯化、甲基化、羟基化、还原化、酶解等多种生物转化能力，对中药的天然药效成分进行修饰和小分子化，以实现增强药物效果、提高吸收率、降低中药材毒性的作用。
1、发酵中药如何提高天然中药效果？
中药的有效物在进入人体后，在人体消化酶、肠道菌群的复杂环境下，会发生一系列的变化后，再被人体吸收而产生药效；部分未经消化、酶解的大分子成分直接排出体外，而造成损失掉药效。发酵中药就是将原本在人体消化道内发生的酶解、修饰的过程在体外完成，利用现代微生物技术，培养高密度的益生菌菌群对中药进行发酵；高密度的菌群、长时间的共生发酵，提供了高含量的酶，增强了羟基化、甲基化、酯化、氧化、还原化等一系列生理生化反应，同时发酵过程中还可能会伴随某些成分的分解，从而转化而生成新的有效成分，这些新成分会增强其药理作用，或者出现新的药理作用。因此，能以提高中药物质的药效。
2、发酵中药如何降低天然中药毒性？
是药三分毒，天然的中药材成分复杂，既有有效成分，又有毒性成分。人体在服用中药后，毒性成分虽然经过肠道菌群和人体肝脏进行了解毒，但还是会给人体带来负担。而在发酵中药中，参与发酵的菌群多为单细胞，其结构简单，中药的毒性成分对人体只有轻微的毒性，但对单细胞的微生物而言，毒性是致命性的。因此，发酵的微生物为了生存和繁殖，就必须要分泌消化酶，以对有毒的物质进行降解，直至对单细胞微生物无毒后，发酵才能继续进行。因此，发酵后的中药成分，对单细胞的微生物没有毒性，对人体也更加没有毒性。因此起到了清除天然药物毒性的作用。
3、发酵中药如何实现协同增效？
益生菌经过选育，无论在什么状态下，是一种都会对人体有益的微生物。使用益生菌发酵中药，既能实现对中药成分的修饰增效、减毒去毒，还能在益生菌发酵过程中，产生的短链脂肪酸、脂多糖、糖蛋白、氨基酸、小分子功能肽等活性物质积累在发酵产物中，这些有益物质与中药有效成分协同作用，有达到祛病、健体、增强免疫调节等功能。
4、发酵中药是如何改善中药口感？
良药苦口，尤其中药。中药因成分复杂，口感普遍苦涩，让人难以下咽。但微生物发酵中药，伴随着微生物的代谢产物的积累，以及发酵过程中酶解作用的持续进行，使得中药的口感变得不再那么难以下咽，反而还以酸甜为主，因此更易于人们接受；并且经过微生物酶解去毒后的中药，还更适合长期服用，不用担心有副作用。
有一部分的中药，其有效成分在中药材中含量低，并且这些成分含有多个不对称的碳原子，结构复杂，化学合成难度极大。但在微生物发酵中药过程中会产生大量的酶类，有些酶是中药有效成分合成的关键酶，通过菌种的选育、定向筛选，可使中药合成关键酶含量增加，进而获得高含量的中药有效成分，为中药活性成分的结构修饰提供新的途径，开发出一系列有预防、保健、治疗作用的新中药，比如以微生物为反应器结合同位素示踪法，进行中药活性成分的生物转化和合成，此法有望阐明药用活性成分在生物体内合成的新途径，并找出限速步骤，把生源关系相近或结构类似的化合物转化为人类需要的天然化合物。
总之，当今的发酵中药技术可以实现对天然药物成分的修饰、增效、减毒、去毒、代谢产物协同等作用，可以说是传统中医药养生和现代微生态的有机结合，可开发出有效、低剂量、高疗效的中药产品，微生物发酵中药在新药物的开发中有着广阔的市场前景。作为发酵中药领域新崛起的代表——济南微生慧生物技术有限公司早已涉足近10年，并取得发明专利“一种植物萃取物复合益生菌分时发酵技术”（发明专利号ZL 201510865419.8），将传统中药养生理论与现代生物技术相结合，造福于人类健康。
