转基因食品或将清晰标示
为了保护消费者的知情权和选择权，草案修改二稿将此前关于销售转基因食品的标示要求，由“鼓励”销售转基因食品的经营者设立转基因食品销售专区、专柜修改为“应当”设立。
同时，草案修改二稿提出“销售转基因食品应当在转基因食品销售区域的醒目位置予以明示，提醒消费者注意。”
餐厨废弃物或将建立台账
修改二稿中还进一步对餐厨废弃物的管理进行了明确规定：县级以上人民政府及其有关部门应当采取措施，加强餐厨废弃物的管理，防止餐厨废弃物作为原料进入食品生产经营环节。餐厨废弃物产生、收运、处置单位应当建立台账，详细记录餐厨废弃物的种类、数量、去向、用途等情况。
将加强学校周边食品安全监管
为了加大学校周边食品摊贩的管理和食品安全的监测，草案修改二稿中规定，县级以上人民政府食品药品监督管理、卫生计生等部门应当对幼儿园、中小学校周边的食品安全加强管理和监督，依法查处违法经营行为，保障未成年人身体健康和生命安全。
对超限量使用食品添加剂等行为将提高罚款力度
为了保障人民群众舌尖上的安全，草案修改二稿将进一步加大食品安全违法行为的处罚力度。对食品生产经营者食品添加剂使用记录不符合要求、停产后恢复生产未报告、销售散装食品未采取保证食品安全措施等五项违法行为，拒不改正的，罚款幅度或将提高到一千元以上五千元以下。
对食品摊贩在食品中添加可能危害人体健康的物质、超限量使用食品添加剂、使用餐厨废弃物作为原料生产食品等行为，违法经营的食品货值金额不足一千元的，罚款下限或将提高到一千元。小餐饮、食品摊贩未在经营场所、摊位的显著位置悬挂或者摆放信息公示卡、从业人员健康证明的行为，或将罚款下限提高到一百元。
