柠檬幼树一般每年进行两次深施重肥。一次是在夏季进行扩穴压青，在原定植穴外挖深、宽各30~40厘米的深沟，在深沟内压埋各种杂草。另一次是在冬春季，围绕树冠滴水线，挖深、宽各30~40厘米的环状浅沟，再每株树施沤制腐熟的人畜禽粪6~8公斤，与挖环状浅沟时所挖起的泥土充分搅拌混合均匀后，填回环状浅沟内即可。
每抽生一次新梢必须施好两次肥，分别在芽眼饱满欲萌动新梢时和新梢叶片转绿，大小基本定型时，每次每株施氮磷钾（15-15-15）硫酸钾或硝硫基或纯硫基复合肥150~200克，围绕树冠滴水线挖深、宽各15~20厘米的环状浅沟，把肥料均匀撒施在环状浅沟内，盖土即可。或每次每株施氮磷钾（20-20-20）水溶肥50~75克，兑清水或沼液或沤制腐熟的人畜粪水5~6公斤后，均匀淋施在柠檬幼苗植株根部周围的土壤中，以肥液完全渗透入泥土中不往外流为宜。
另外，在柠檬幼苗生长发育期间，还必须每7~10天叶面喷洒一次0.1％硫酸镁、0.1％硫酸锌、0.2％尿素、0.3％磷酸二氢钾、600倍氨基酸活性液肥混合液，连续喷洒5~6次，均匀喷湿所有的枝叶，以开始有水珠往下滴为宜，从叶面补充各种养分，有利于促发新梢，促壮新梢，提高植株的营养水平。 黄家南
