北京市食药局指出，以未严格执行管理制度为例，生产企业擅自降低生产管理制度要求，不经过规定的程序修改制度；生产企业未严格执行企业培训制度，生产、检验人员专业技术水平不高；生产企业未严格执行原料进货验收、型式检验与产品留样等制度；经营企业未严格执行保健食品进货查验等各项管理制度。
专项整治中发现，生产企业擅自变更保健食品生产工艺和产品配方，企业未按照保健食品注册的生产工艺和产品配方等技术要求组织生产；生产经营条件发生变化，企业未按照相关规定申请变更或报告。企业存在保健食品生产记录与实际产量不一致、生产记录与生产设备的产出量不一致的情况，与原辅料、包装材料、成品的出入库数量不相符。部分企业的批生产记录未反映全部生产过程，仅留存了各生产工序的记录，缺少关键工艺参数、检验报告等内容。
在包装标签不符合要求方面，外包装标识了疾病预防、治疗功能，或使用了虚假、夸大、使消费者误解的文字、图形等方式介绍产品；最小销售包装未全部载明保健食品注册信息和生产信息；按照生产工艺经过辐照灭菌的保健食品，未按规定在包装标签上标明“辐照食品”或“本品经辐照”。
北京市食药局要求，生产企业要严把原辅料质量关，建立合格供方目录，并严格从合格供方中采购原辅料和包装材料，对购进的原辅料和包装材料按照要求验收合格后入库使用。严格按照保健食品注册的生产工艺和产品配方等技术要求组织生产，保健食品生产条件发生了改变应及时变更。生产经营条件发生变化，企业要按照相关规定申请及时变更或报告。生产企业要严格审查所生产保健食品的包装标签，杜绝非法宣传和与保健食品批准证书不符的情况。
此外，经营企业要严格履行进货查验制度，索取并留存相关资质及票据，查验所售保健食品的标签标识，发现标签不符合要求产品应及时下架，合法销售保健食品。在销售中严禁虚假宣传、夸大宣传、误导消费者。
