根据《合作安排》，深港两地将在入境旅客卫生检疫、健康宣传教育、跨境学童检疫、受染病例联合处置、检测技术等八个方面深化合作，并实现“一个模式、三个同步、四个联合”。
一个模式。在疫情防控常态形势下，对经深港陆路、海港口岸往来的旅客，深港口岸采用“一检双放”模式，即双方重点对各自的入境旅客开展卫生检疫，最大程度简化各自出境旅客的卫生检疫手续，实现深港两地旅客卫生检疫结果互认，提高旅客口岸通关速度。按年均排查出入境有症状旅客人数6万人次、排查每人次至少需5分钟估算，此举可节约通关时间5000小时。
三个同步。一是健康宣传教育同步。深港两地联合制作和交流口岸单张彩页、视频等宣传资料，出入境旅客在深港口岸两地获取的健康资讯和健康建议将有望实现时间同步、内容同步，避免信息误区。二是跨境学童检疫要求同步。对深方检疫发现的有传染病症状或感染传染病的学童，将按照港方传染病管理的相关指引，建议暂停赴港上课，在深圳采取居家医学观察、送医院诊治等措施，并及时将学童信息通报港方，便于港方做好健康管理，降低疫情扩散风险。三是检测方法同步。双方检测技术人员定期开展交流，互派人员开展培训，针对国际关注的新发及重要传染病检测技术尽可能统一检测方法，提高传染病检出率。
四个联合。一是联合布控。港方将有怀疑重大传染病的入境旅客提前通报深方，便于深方在口岸提前布控，有助于口岸传染病筛查由“大海捞针”变为“各个击破”，将极大提高口岸检出率。二是联合处置。双方对涉及深港出入境人员受染病例加强联合处置，及时交流、通报口岸医学排查、实验室检测、临床确诊和后续追踪信息，联合开展病例处置、追踪排查、疫情预警分析等工作。三是联合检测。双方针对国际关注的新发及重要传染病检测技术加强合作，商讨定期开展实验室比对验证及共享检测样品库的信息，并探讨推进建立实验室检测结果互认机制。四是联合科研。双方围绕疫情防控、重大传染病预警与快速反应、医学媒介生物鉴定、口岸信息化电子化建设等，合作开展相关科学研究，共同提高科研水平。
粤港两地唇齿相依，深港口岸日均出入境旅客约占全国六成、日均出入境车辆约占全国八成。当前，全球传染病疫情防控形势日益严峻，中东呼吸综合征、寨卡病毒病等疫情经入境旅客输入我国的风险越来越引起各方重视。《合作安排》的签署将进一步升级深港合作水平，对促进深港口岸通关便利化、强化口岸疫情防控、保障出入境旅客健康安全等具有积极作用。
