塑料袋栽培金针菇已成为当前金针菇栽培的主要方法。在金针菇栽培过程中，由于金针菇菌丝生长速度较慢，抗杂菌污染能力弱，再加上菇农缺乏栽培技术等原因，常导致袋栽金针菇被杂菌污染，轻则影响产量，重则导致绝产。因此，防止金针菇栽培中的杂菌污染，提高栽培的成功率和产量，已成为金针菇栽培者所关心的突出问题。
金针菇栽培中杂菌污染的原因主要有：
一、灭菌不彻底。栽培袋灭菌是金针菇生产中的关键环节。灭菌不彻底的原因主要包括：1、灭菌条件达不到；2、灭菌时间不足。
二、无菌操作不严格。无菌操作不严会导致金针菇菌袋污染杂菌，其主要原因包括：1、接种箱密闭不够，造成含有杂菌的空气进入箱内；2、接种后没有扎紧袋口，致使空气中杂菌乘隙而入，污染菌袋。
三、发菌场地未严格消毒。发菌场地卫生条件差，是引起金针菇菌袋污染的重要原因，但是往往未能引起菇农的重视。发菌场地引起的菌袋污染是次生性的，即由于塑料袋破损、扎口不严、过于频繁地翻袋倒堆等导致空气中的杂菌由袋上的空隙进入袋内生长，从而引起杂菌污染。
袋栽金针菇污染杂菌后，不论污染哪一种杂菌及污染面积大小，均会引起金针菇产量的损失。污染后再采用化学药物防治，效果并不好。因此，防止污染的关键在于以防为主。
根据杂菌污染的原因，其综合防治措施主要有以下几个方面：
一、改善灭菌条件，选择合适的灭菌方式。臭氧对几乎所有的病菌、霉菌、真菌及原虫、卵囊都有明显的灭活效果，并可以破坏肉毒杆菌等毒素。在金针菇的栽培过程中，应用AORODO臭氧消毒技术，不仅能有效防止金针菇的杂菌污染，还有促进金针菇生长的效果。另外，在灭菌过程中还要注意防止鼠害，它不仅危害菌丝和子实体，而且往往危害塑料袋，从而引起继发性污染杂菌。采用AORODO臭氧空气消毒，可以驱赶老鼠，有效控制鼠害对金针菇的威胁。
二、发菌场地要彻底清理、严格消毒。发菌场地及周围的环境必须卫生，保持空气清洁。使用NICOLER动态空气消毒技术，可以有效防止发菌场地内的空气污染。其消毒杀菌过程为：通过高压直流脉冲使得离子杀菌腔产生逆电效应，生成大量的等离子体。在负压风机的作用下，空气中污染空气被抽进机内，通过等离子杀菌腔时，带负电细菌被分解击破，重复三次，完成杀菌，以确保杀菌效果。再组合药物浸渍型活性炭等组件进行二次杀菌过滤，经过处理的洁净空气大量快速循环流动，可以使发菌场地达到“无菌无尘”标准，以防周围环境空气污染杂菌的数量多，侵入发菌场地。
三、加强管理。加强发菌期的管理，减少杂菌污染机会，保证栽培成功，发菌期温度应控制在25℃以下，空气相对湿度控制在55—65%左右，通风透气良好，以防高温高湿而引起杂菌大量滋生，同时必须注意尽量减少翻袋倒堆次数，以减少袋的破损，从而减少杂菌污染的机会。
金针菇栽培过程中的污染杂菌大部分为真菌类型。它们与金针菇的生长发育条件、药剂反应、甚至外部的基本形态均有相似之处，给识别和防治工作带来了许多困难。因此，防治杂菌污染，主要贯彻“预防为主”、“防重于治”和“综合防治”的方针。掌握杂菌发生初期的症状和危害特征，及早识别。针对不同的病症，及时地采取AORODO臭氧消毒技术和NICOLER动态空气消毒技术的综合措施，本着治早治了的原则，彻底消灭或控制其扩散，以夺取金针菇的丰收。
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