2016年1月21日，台湾地区“卫生福利部”发布部授食字第1041304070号令，修正“健康食品申请许可办法”部分条文。
“健康食品申请许可办法”（以下简称本办法）系依据健康食品管理法第七条第五项规定授权，于1999年5月21日订定公告，续经2006年10月30日、2012年8月29日、2014年1月28日修正。本次修正主要为配合“健康食品查验登记审查费收费标准”调整为初审审查费、复审审查费二阶段收费，故于本条文中叙明分阶段缴交规费及文件资料；并叙明初审、复审补件规定；又因应食品安全卫生管理法修正，其对于各食品相关咨议会的名称系以法律定之，为与该等法定名称适当区分，故将“健康食品咨议会”名称修正为“健康食品审议小组”；另考虑法条文字一致性，并使应检附文件更加明确，酌作文字修正。综上，故修正“健康食品申请许可办法”部分条文，其修正要点如下︰
一、 配合“健康食品查验登记审查费收费标准”调整为初审审查费、复审审查费分开收费，叙明申请健康食品查验登记分阶段缴交规费及文件数据。（修正条文第二条、第二条之一、第三条、第八条）
二、 叙明健康食品查验登记初审、复审补件的期限规定。（修正条文第三条、第六条）
三、 修正“健康食品咨议会”名称为“健康食品审议小组”。（修正条文第四条、第八条）
