《指导意见》指出，各类食用农产品批发、零售市场（包含专营、兼营市场、商场超市、门店）开办者应当承担并履行市场经营管理责任，建立入场经营者经营管理档案，对进入市场销售的农产品质量安全要严格把关。入场经营者是食用农产品质量安全的第一责任人，应严格依法从事生产经营活动，对经营行为公开承诺，接受社会监督。《指导意见》要求，县级政府对辖区内食用农产品安全负总责，各监管部门依职责分工切实抓好农产品质量安全工作，基层市场监管机构按“定岗定职定员”要求实施“六查六看”农产品销售市场日常监管，构建“乡速测、县定量、市监督”的三级食用农产品检验检测体系，保障食用农产品检验检测工作快速、有效完成。
《指导意见》首次提出了建立食用农产品退市机制，明确了不合格食用农产品召回、退货、赔偿工作要求，对违法违规经营者实施劝退或强制退出市场措施，同一产区、同一品种连续三次抽检不合格的，6个月内禁止进入市场销售。
