根据新的职责划分，食品安全标准管理职责由市质监部门划入市卫生行政部门，并于4月1日起办理食品安全企业标准备案。市卫生局制定了《北京市食品安全企业标准备案办法（试行）》和《北京市食品安全地方标准管理办法（试行）》，于4月1日起实施。食品安全企业标准备案以后，除供公众免费查阅，接受公众监督外，任何单位和个人发现备案的食品安全企业标准存在问题的，有权向卫生行政部门举报。企业在食品安全企业标准备案中弄虚作假的，除注销备案外，将向社会通报弄虚作假行为，并将企业的不良不法行为纳入信用管理体系。
此外，卫生部门还承担了制定食品安全地方标准的职责。为了透明公开，地方标准起草完成后，标准起草单位应当广泛征求监管部门、标准使用单位、科研院校、行业和企业、消费者、专家等方面的意见。标准草案在北京卫生信息网上公开征求意见，期限一般为两个月。食品安全地方标准实施后，市卫生行政部门将组织开展跟踪评价，根据跟踪评价结果，适时对地方标准进行复审，需要修订的纳入修订立项计划。
